در پی اعدام شیخ نمر النمر، روحانی شیعه در عربستان، رهبران شیعه در سراسر جهان بیانیه‌های تسلیت صادر و به این اقدام اعتراض کردند. در میان مجموعه‌ای از موضع‌گیری‌ها، تفاوت محسوسی میان پیروان آیت‌الله خامنه‌ای، رهبر ایران و آیت‌الله العظمی علی سیستانی، رهبر دیگر شیعیان، ساکن حوزه نجف، به چشم می‌خورد. این تفاوت، می‌تواند برای رژیم سعودی، اهمیتی ویژه در گرماگرم مخالفت‌ها با اعدام نمر، به‌ویژه در فضای پس از اجرای توافق هسته‌ای ایران، داشته باشد.
خامنه‌ای در بیانیه‌ٔ روز سوم ژانویه خود، نه تنها اعدام نمر را محکوم و رژیم سعودی را سرزنش کرد، بلکه عواقب آن را نیز پیشگویی نمود. او نوشت: «خون به ناحق ریخته‌ی این شهید مظلوم به سرعت اثر خواهد کرد و دست انتقام الهی گریبان سیاستمداران سعودی را خواهد گرفت». در مقایسه با او، سیستانی از حمله به رژیم سعودی خودداری کرد و به جای آن، با خانواده‌های ۴۷ اعدام‌شده -که چهار تن از آنان شیعه و بقیه سنی‌های مرتبط با القاعده بودند- ابراز همدردی کرد. آیت‌الله سیستانی نوشت: «ما آن‌چه روی داده را محکوم و تقبیح می‌کنیم و تسلیت و همدردی خود را به خانواده‌های داغ‌دیده آنان به خاطر این ضایعه، ابراز می‌نماییم».
