בפברואר 1988, כחודשיים לאחר פרוץ האינתיפאדה הראשונה, בעוד חיילי צה"ל ברצועת עזה והגדה המערבית נדרשים לעמוד בסיטואציות אלימות ומורכבות מול אזרחים, שיגר הרמטכ"ל אז, דן שומרון, אגרת למפקדים. שומרון ביקש מהם לשמור "על עקרונות החוק, המוסר והמשמעת". הוא גם כתב להם שהוא מצפה מהכוחות לגלות "תקיפות והחלטיות, בצד שליטה עצמית, איפוק ורגישות". לבסוף הדגיש, כי "אין להשתמש בכוח כאמצעי ענישה ולא לאחר שמשימה כבר הושגה… אין לנקוט כלפי האוכלוסייה התעללות, השפלה, ביזוי או גרימה מכוונת של נזק לרכוש".
כעבור חודשיים, הפתיע שומרון את הפוליטיקאים כשהצהיר שהפתרון לאינתיפאדה אינו יכול להיות צבאי בלבד. דבריו עוררו ביקורת קשה מפוליטיקאים מימין, אך הוא המשיך להביע את דעתו. באחד המקרים הרמטכ"ל שומרון אף בלם דרישה לפיטוריו של אלוף פיקוד המרכז, עמרם מצנע, לאחר שהאחרון הכריז בישיבת ממשלה כי לא ניתן למגר את האינתיפאדה בכוח. מי שדרש את פיטוריו של מצנע היה שר המסחר והתעשייה, אריאל שרון, אז מבכירי הליכוד. שומרון קם ואמר: "זו גם דעתי. אם אתם רוצים, תפטרו אותי". זה אמנם היה אירוע חריג בעוצמתו, אך ככלל, שומרון ספג אש פוליטית כמעט על בסיס קבוע באותם ימים, שבהם משלה בישראל ממשלת אחדות הלאומית. ראש הממשלה יצחק שמיר מהליכוד ושר היבטחון יצחק רבין מהעבודה לא זכורים כמי שהתייצבו להגנתו באופן בולט.
