فضای درگیری مذهبی در منطقه، بازار فتاوی جهادی را از سوی مؤسسات روحانی گرم کرده است. پیش از این فتاوی متعددی از روحانیان سنی در تایید عزیمت به سوریا برای جهاد با رژیم بشار اسد ارائه شده بود. این بار و در واکنش به تشدید درگیری مذهبی در سوریه، فتوایی از یکی از روحانیان قم منتشر شد که در آن به طور ضمنی، رفتن به سوریه برای جهاد با گروه‌های سلفی تایید و مشروع شمرده شده است. این فتوا به صورت پاسخ به پرسشی از آیة الله سید کاظم حائری در صفحه رسمی فیسبوک وی منتشر شده است. پرسش‌کننده درباره جواز رفتن به سوریه برای دفاع از مرقد حضرت زینب دختر امام سوم شیعیان بدون اجازه والدین سؤال می‌کند. وی در پاسخ، این عمل را جایز شمرده و گرفتن اجازه والدین در این امور را لازم نمی‌شمرد. پیش از این آیة الله سید محمد صادق روحانی از روحانیان به نام قم نیز جهاد در سوریه برای حمایت از اماکن مقدس شیعی را مشروع شمرده و کشته‌شدگان در این عمل را شهید شمرده بود. این فتاوی به راه‌اندازی پایگاه‌هایی برای ثبت‌نام رسمی در ایران جهت عزیمت به سوریه برای جهاد انجامیده است.
انتشار این فتوا، موج گسترده‌ای از مخالفت و نارضایتی را در بین مقامات عالی رتبه روحانی حوزه قم و نجف پدید آورده و آن را دیدگاهی نامشروع و غیر قابل قبول شمردند. روزنامه «الشرق الاوسط» از دیدگاه آیة الله سیستانی مبنی بر حرمت رفتن به سوریا برای جهاد خبر داد و از مراجع چهارگانه نجف نقل کرد: «کسانی که برای جهاد به سوریه می‌روند، از دستورات دینی مرجعیت نافرمانی می‌کنند.» سید جواد خوئی از اساتید حوزه نجف، درستی خبر مذکور را در مصاحبه‌ای با المونیتور تایید کرد و افزود که حوزه نجف همواره از دخالت دادن امور دینی در درگیری‌های سیاسی پرهیز کرده و هیچ یک از روحانیان به نام نجف با درگیر شدن شیعیان در جنگ مذهبی در سوریه موافق نیستند.
در حوزه قم نیز تا کنون فتوایی از مراجع عالی رتبه آن در این خصوص صادر نشده است. روحانی و حائری از مراجع درجه دوم قم به شمار می‌آیند که اعتبار و شهرت کمتری از دیگر مراجع دارند. نکته قابل توجه در این خصوص آن است که این دو تن علی رغم تعلق به جریان اسلام سیاسی، موضعی مختلف نسبت به سیاستها و ساختار جمهوری اسلامی دارند. روحانی از روحانیان انقلابی با سابقه در ایران است که پس از پیروزی انقلاب در اثر اختلاف نظر با آیة الله خمینی و برخی دیگر از رهبران انقلاب و به طور مشخص در خصوص قائم مقامی آیة الله منتظری، منزوی و مدت درازی حصر خانگی شد. وی اخیرا در اثر ارتباط گسترده با نیروهای وابسته به حزب الله لبنان مجددا به تلاش سیاسی در حوزه درگیری‌های مذهبی منطقه‌ای علاقه نشان داده است. حائری نیز از روحانیان انقلابی و مدافع جریان ولایت فقیه و حکومت اسلامی به شمار می‌رود. وی تا کنون روابط حسنه خود را با جمهوری اسلامی حفظ کرده و از مدافعان سرسخت آیة الله خامنه‌ای به حساب می‌آید؛ به نحوی که دیدگاه وی را مقدم بر دیدگاه هر مقام دینی دیگر می‌شمرد.
یکی از استادان حوزه قم در مصاحبه با المونیتور از فتوای حمایت از جهاد در سوریه به عنوان دیدگاه اقلیت طرفدار اسلام سیاسی در حوزه قم یاد کرد و آن را مخالف دیدگاه مراجع نامدار قم شمرد. هم چنین وی افزود که این فتاوی بر پایه دلایل دینی محکمی استوار نیست و بیشتر متاثر از فهم نادرست از اوضاع جاری در منطقه است. وی در پاسخ به نوع رابطه حائری با رژیم اسلامی ایران، از وی به عنوان چهره برگزیده جمهوری اسلامی در عراق یاد کرد که از طریق وی به نشر دیدگاه‌های تندروانه جمهوری اسلامی در بین شیعیان عراق پرداخته می‌شود. همچنین او از دیدارهای مستمر «قیس خزعلی» رهبر روحانی جریان تندروی «عصائب اهل الحق» در عراق با حائری یاد کرد و افزود که رابطه حائری با مقتدی صدر پس از فاصله گرفتن وی از جمهوری اسلامی به سردی گرایید و حائری همه وکالت‌نامه‌های دینی و سیاسی خود به مقتدی را پس گرفت. قابل ذکر است که حائری در عراق نیز به جهت شهرت به فتاوی تندروانه و خشونت‌گرا چهره‌ای نامقبول داشته و اعتبار مردمی چندانی ندارد. حائری پیش از این کتابی با عنوان «دليل المجاهد» منتشر کرده بود که حاوی فتاوایی درباره مسائل جنگی به ویژه جنگهای نامنظم و چریکی است. بخش زیادی از این فتاوی مانند: امکان کشتن اسیر یا افراد بیگناه در صورت ضرورت، مخالف کنوانسیونهای حقوق بشر به شمار رفته و مصادیقی از جرایم جنگی به حساب می‌آیند.
در پایان به نظر می‌رسد که هر چند فضای رو به تشدید فتاوی جنگ‌افروزانه از هر دو طرف سنی و شیعی به تلفات بیشتر انسانی در منطقه انجامیده و روند فعالیت گروه‌های معتدل و میانه‌رو در غلبه آمدن بر درگیری‌های مذهبی را به چالش می‌کشد، توجه مقامات علی‌رتبه دینی در نقد این فتاوی و اعلام نادرستی آنها به تقویت فضای آشتی و مسالمت‌جویی یاری خواهد رساند.
