يخشى الفلسطينيون أن تلقي نتائج عملية الخليل بظلالها على مستقبل المصالحة، بعد الضغوط الإسرائيلية على السلطة الفلسطينية بنقض الاتفاق مع حماس، لأن العملية جاءت نتيجة مباشرة لحكومة التوافق التي أعلنت يوم 2/6، مع تحذيرات كل من حماس وفتح باتخاذ خطوات احادية إلى إلغاء اتفاقية المصالحة.
لكن تغريدة موسى أبو مرزوق نائب رئيس المكتب السياسي لحماس، على صفحته عبر الفيسبوك يوم 29/6 فاجأت الفلسطينيين، وأبرزت توقعات سوداوية لمستقبل المصالحة بإعلانه أن "حماس قد تعود لحكم غزة حفاظاً على أمن أهلها، لأنها لن تعيش في فراغ، ولم تعد تحت مسئولية الحكومة السابقة، ولا حكومة الوفاق، والسلطة تحاصرها قبل الآخرين، متسائلاً: هل مزقوا المصالحة؟"