في نهاية عام 1979 ألهمت الثورة الاسلامية في إيران مؤسس حركة الجهاد الإٍسلامي د.فتحي الشقاقي وكتب كتابه الشهير "الخيميني الحل الاسلامي والبديل" إعجاباً منه بالتجربة، وكان حينها لا يزال طالبا في مصر، وخرج في كتابه عن المألوف حين عبر كمسلم سني عن إعجابه بثورة شيعية، ما دفع الامن المصري وقتها لاعتقاله، بحسب كتاب الباحث ناظم عمر "الفكر السياسي لحركة الجهاد الاسلامي في فلسطين" الصادر عام 2008 .
عن إيران وحركة الجهاد يقول الخبير في الحركات الاسلامية محمد حجازي للمونوتر أنه يوجد اتجاهان في حركة الجهاد الاسلامي اتجاه يعتبر ان علاقته مع ايران عقائدية تصل الى درجة القبول بمبدأ التشيع وهذا توجه ضعيف داخل الحركة، واتجاه اخر قوي في الحركة يلتقي مع السياسية الايرانية في مواجهة اسرائيل وبالتالي يدعم حزب الله ويقبل الدعم الايراني التسليحي والمالي في معادلة الصراع الايراني الإسرائيلي كما يقبل ان يشكل في قطاع غزة قاعدة صواريخ ايرانية، مرجحاً أن بنية حركة الجهاد التنظيمية والعسكرية شبيه ببنية حزب الله وقدراته العسكرية وتنظيمه، ولا يوجد في داخلها فصل بين الجزء العسكري والجزء السياسي.