השאלה המרכזית הנשאלת ע"י רבים עם הגיעה של הפרשה המכונה "פרשת הצוללות" לשלב כתבי האישום היא, איך יתכן שרק ראש הממשלה בנימין נתניהו נחלץ ממנה כמעט ללא פגע? איך יכול להיות שסוללת האנשים הקרובים ביותר לראש הממשלה, עורך דינו ובן דודו, ראש הלשכה שלו, ראש המטה לביטחון לאומי המיועד שלו, מפקד חיל הים לשעבר ומקורבים נוספים לראש הממשלה, כולם טובלים עד צוואר בביצת השחיתות שנחשפה, בעוד רק נתניהו, ראש הפירמידה, מצליח לחמוק מהסיפור מבלי שאפילו נחקר באזהרה?

שמה של הפרשה לקוח מעסקה שאותה ניסה נתניהו לקדם לרכישת שלוש צוללות תקיפה אסטרטגיות מהתאגיד הגרמני "תיסנקרופ", אבל הפרשה גדולה בהרבה מהעסקה הזו. היא מכילה עסקאות רכש ימי ביטחוני נוספות ומאמץ של כנופיית אנשי עסקים, עורכי דין וקצינים לשעבר להשתלט על הרכש הביטחוני הישראלי, להכתיב אותו ולגבות עמלות בהיקפים עצומים.

בעקבות החקירה, שהולידה ביום חמישי [5 בדצמבר] הודעה על כתבי אישום נגד רבים מהנחקרים, עולה השאלה האם זהו סוף פסוק? האם הפרשה הזו אכן פוצחה? התשובה שלילית. לאף אחד בישראל, למעט כמה תחקירנים, עיתונאים וקונספירטורים, אין פתרון שלם, מלא ומשכנע לכתב החידה שצופנת הפרשה. כתבי האישום החלקיים שעליהם הודיעה הפרקליטות מהווים טיפול שטחי, קוסמטי, בריקבון שפשה בקודש הקודשים של הביטחון הלאומי הישראלי.

בתחילה נדמה היה שהפיכתו של מיקי גנור, איש עסקים שהוצנח למרכז עסקאות הרכש הביטחוני של ישראל, לעד מדינה תביא לפתרון מהיר וקל של הפרשה. אלא שגנור, שסומן ע"י הציבור הישראלי כבוגד, נשבר והחליט לחזור בו מהסכם עד המדינה. הדבר עורר קשיים ראייתיים מסוימים שאפשרו למקורבו, בן דודו ועורך דינו של נתניהו דוד שמרון, לצאת מהפרשה בעור שיניו עם אישום אחד בגין "הלבנת הון" בלבד. גורמי אכיפת החוק מקווים כי לא מדובר בסוף פסוק. גנור אינו אדם המורגל במאסרים ממושכים. הוא מבוגר וכתב האישום שהוגש נגדו חמור במיוחד. הפרקליטות החליטה "להיכנס בגנור" בכל הכוח. "כשיבין שהוא הולך לעונש מאסר של מעל עשר שנים, מה שיגרום לו לבלות את שארית חייו בכלא, יכול להיות שישנה את דעתו ויחזור להיות עד מדינה. הפעם, זה יקרה בתנאים שלנו, לא שלו", אמר גורם אכיפה בכיר לאל-מוניטור לפני כמה שבועות.