"יש ריח של פגר בלשכת הרמטכ"ל", אמר בני גנץ כשנכנס לתפקידו אחרי שנתיים של מלחמה חסרת תקדים בכיעורה בין שר הבטחון אהוד ברק לקודמו בתפקיד, גבי אשכנזי. בשבוע שעבר, כשפורסם דו"ח המבקר על פרשת הרפז, מיהר גנץ להכריז שהפגר יבש. הפגר אולי יבש, אבל הסרחון עדיין שם, גם אחרי 300 עמודים של דו"ח שמתאר את שבר האמון העמוק בין הרמטכ"ל לשר הממונה עליו. יש קשר ישיר בין המאבק ההדדי ברק-אשכנזי לדברים הקשים שהטיח ראש השב"כ לשעבר יובל דיסקין בראש הממשלה בנימין נתניהו ובשר הבטחון ברק. לצמרת הבטחונית של ישראל, בעבר ובהווה, אין אמון בהנהגה המדינית שמעליה.
עיקר הדו"ח על פרשת הרפז נשען על אוצר בלום שנפל בידי אנשי מבקר המדינה: הקלטות של כל שיחות הטלפון שהתקיימו אל ומלשכת הרמטכ"ל. הקלטות כאלה לא נמצאו בלשכת שר הבטחון. הדו"ח מתאר באריכות את הקרע ביחסים שבין ברק לאשכנזי, שבתוכו יכול היה בועז הרפז, קצין ונוכל, לשטות ברמטכ"ל ובעוזרו. אבל הדו"ח לא מצליח להסביר מה בדיוק גרם לשר ולרמטכ"ל, שבמשך שנתיים עבדו בהרמוניה יחסית, להגיע למצב שבו הם לא יכולים עוד לעבוד ביחד.