التزم السيستاني في فترة زعامته الدينية، منهج الإعتدال وقد تعامل بحنكة وحكمة مع الوضع العراقي المستعد للإشتعال عقب كل أزمة صغيرة او كبيرة. ولكن بدا تدريجياً أن سلوك السيستاني لا يروق تيارات الاسلام السياسي لعدم رضوخه لاجندتهم السياسية.
فقد كان السيستاني في معرض أشد الإنتقادات من قبل بعض الجهات السنية والشيعية معاً لعدم دعمه لحركات المقاومة ضد الامريكان في فترة حضورهم في العراق وأيضاً عدم دخوله في الصراع الطائفي لصالح جهة ضد أخرى. ولكن عادة ما كانت هذه الانتقادات توجه له من خارج المؤسسة الدينية من قبل احزاب او جماعات ذات مشاريع تندرج تحت عنوان الاسلام السياسي. واما هذه المرة جاءت الانتقادات من داخل المؤسسة الدينية ومن نفس إتجاه الإسلام السياسي.