تتّجه العلاقات بين القاهرة والخرطوم إلى نفق مظلم بعد سقوط نظام الرئيس المصري المعزول محمد مرسي المنتمي إلى التيار الإسلامي والذي كان يناصره الرئيس السوداني عمر البشير، في الوقت الذي تسعى فيه الإدارة المصريّة إلى تأمين مصالحها الأمنيّة والتجاريّة والمائيّة في السودان.
وأشار مصدر دبلوماسي مطّلع على الملف السوداني في الخارجيّة المصريّة في حديث إلى "المونيتور" قائلاً "نواجه أزمة في إقناع الجانب السوداني بسلامة موقفنا بعد عزل مرسي. ونحن حريصون على دعم التواصل مع الحكومة السودانيّة لارتباطها الوثيق بتحقيق الأمن المائي والغذائي والقومي لمصر".