من مفارقات الوضع العراقي وهو أمر نادر تاريخياً أن المرجعيّة الدينيّة في النجف لم تطالب بالحكم الديني بل هي تخالفه مخالفة شديدة، في حين أن الحكومة العراقيّة ذات الميول الدينيّة تتّجه نحو استخدام الشعارات والمطالبات الدينيّة لتغطية فشلها في الحكم. وحين تطالب مرجعيّة النجف الحكومة بالعمل على تحقيق المطالب المدنيّة للمواطنين، تواجَه بتهديدات وبهجوم عنيف من قبل الحكومة، وذلك بأشكال مختلفة.
لقد صرّح آية الله علي السيستاني في أكثر من مرّة منذ بدء العمليّة السياسيّة في العراق ما بعد العام 2003، أنه يطالب بدولة مدنيّة في العراق وأنه ضدّ استخدام الدين أو رجال الدين في المجال السياسي. وعليه، لم يسمح لأي من المنتمين إلى مرجعيّته من الدخول في العمليّة السياسيّة بشكل مباشر أو غير مباشر، كذلك لم ينحز لأي جهة من الجهات السياسيّة. وقد اكتفى بتقديم النصح للحكومة، بهدف حثّها على القيام بمسؤولياتها المدنيّة تجاه المواطنين.
