אלוף בדימוס שמכיר מקרוב את רב אלוף אביב כוכבי, שיבח בשיחה עם אל-מוניטור את מינויו לרמטכ"ל ה-22 של צה"ל. "הדבר היחיד שמדאיג אותי זה שאביב שואף להיות ראש הממשלה", הוסיף הבכיר. הדאגה שלו, הוא הסביר, נובעת מכך שפזילה לדעת הקהל עלולה להשפיע על מהלכיו של הרמטכ"ל. וכבר היו דברים מעולם. הרי מאז קום המדינה כל רמטכ"ל שני בערך פוצח בקריירה פוליטית. יו"ר "חוסן לישראל", בני גנץ, הוא מספר 11 ברשימה. אבל הניסיון מראה שמצביא מוצלח לא הופך תמיד לפוליטיקאי מוצלח (ראו יצחק רבין בתקופת כהונתו הראשונה ואהוד ברק).
כך או כך, מיליטריזציה של הפוליטיקה היא תעודת עניות לחברה האזרחית. ומדאיגה יותר ממנה היא הפוליטיזציה של הצבא, בעיקר כשזו נגועה בקלריקליזם לאומני של הדרגים הצבאיים הגבוהים. גם משם קצרה הדרך לצמרת הפוליטית.
כבר תקופה ארוכה שהרבנות הצבאית משמשת כתחנה בדרך לרבנות האזרחית ולהנהגת ישיבות. בחירתו של הרב הצבאי הראשי לשעבר, תת-אלוף (במיל') רפי פרץ, ליושב ראש מפלגת הבית היהודי מראה שבימין הדתי גילו שהשילוב של דרגה צבאית גבוהה וסמכות רבנית בכירה טומן בחובו גם פוטנציאל פוליטי. אך למטבע הזה יש גם צד נוסף: הצבא הפך למגרש משחקים לגיטימי של מגזר פוליטי, אשר מערכת החוקים הדתית מתחרה אצלו עם חוקי המדינה ולעתים אף גוברת עליהם. רבנים צבאיים הפכו לבעלי סמכות לפסוק הלכה, תרתי משמע, כל אימת שמצוות האל אינה עולה בקנה אחד עם החלטת הממשלה וצו המפקד.
ראש הממשלה הראשון, דוד בן גוריון, יזם את הקמת יחידת הרבנות הצבאית כדי שתטפל בענייני כשרות, שמירת שבת, אספקת שרותי דת לחיילים שומרי מצוות והתרת עגונות. המודל היה קציני דת בצבא האמריקאי, שדואגים לצרכיהם של חיילים בני דתות שונות ומסייעים להם לקיים את הריטואלים והמנהגים שלהם. כמו ביחס לשחרור בני הישיבות משירות צבאי, שהפך מטפטוף למבול, בן גוריון לא העלה על דעתו שהרבנות הצבאית תצא מכלל שליטה.
הרב הצבאי הראשון, שלמה גורן, שזכה בהמשך לדרגת אלוף, היה הראשון אך לא האחרון שהפך את מלחמות ישראל ל"מלחמות מצווה" – מלחמות שעל פי ההלכה חייבים לצאת אליהן, ולא חלה חובה לבקש לכך רשות מהסנהדרין. ביוני 1967, ימים אחדים אחרי כיבוש ירושלים, עלה גורן בחשאי לכיפת הסלע כשהוא מחזיק בידו האחת ספר תורה ובידו השנייה אוחז בשופר. הוא ניהל מאבק ציבורי נגד שר הביטחון משה דיין, שביקש למנוע מלחמת דת והחליט להשאיר את הר הבית באחריות הווקף המוסלמי. לימים לא ארוכים, הפכו דרגות האלוף את הרב גורן למועמד טבעי למשרת הרב הראשי לישראל.
מצויד ביוקרה הצבאית-רבנית שלו, פסק הרב הראשי גורן כי על חייל שמקבל פקודה הנוגדת את חוקי התורה לקיים את ההלכה התורנית ולא את הפקודה החילונית. הוא קבע כי אין לציית לפקודה צבאית לפנות יישוב יהודי, מאחר שהיא נוגדת את מצוות יישוב ארץ ישראל השקולה כנגד כל המצוות שבתורה ומבוססת על הסכם (אוסלו) חסר תוקף, מאחר שהוא נשען על קולות של ערבים.
הרב הצבאי לשעבר תא"ל אביחי רונצקי התפאר כי במבצע "עופרת יצוקה" (דצמבר 2008-ינואר 2009) הרבנים היו חלק בלתי נפרד מהמערך הלוחם. לדבריו הם נתנו ללוחמים "תעצומות נפש" ותרמו להעמקת התודעה היהודית. ביטאון צה"ל "במחנה" סיפר אז כי דקה לפני הכניסה לעזה, הצטופף כוח גבעתי סביב הרב הגדודי, ששוטט בין החיילים כשספר תורה בידו ונגע בראשיהם כדי לברכם. הרב רונצקי ז"ל, שהיה תושב ההתנחלות איתמר, איפשר לרבנים מהימין הקיצוני ביותר לשוטט בין יחידות צה"ל כדי "לחזק" את החיילים.
בדו"ח מבקר המדינה לשנת 2011 צוין כי הרמטכ"ל דאז, גבי אשכנזי, קבע כי הפצת חומר בעל גוון פוליטי בחתימת הרבנות הצבאית מהווה הפרה של הסטטוס-קוו ופגיעה בצה"ל כולו. ראש אכ"א העיר כי חלק מהמסרים שהוצגו בפרסומי הרבנות הצבאית במהלך המבצע היו לא ראויים, לא עמדו בפקודות והיה בהם משום נקיטת עמדה פוליטית ושיפוטית כלפי דעות ואמונות של חיילי צה"ל. רונצקי מסר לאנשי המבקר כי לתפיסתו "חיבור לתקופת המקרא ולצד ההיסטורי של הלאום שלנו, שתחילתו כבר בימי אברהם אבינו, יעשה את החיילים טובים יותר". בשנת 2012 התמודד רונצקי על מקום טוב ברשימת "הבית היהודי" והגיע למקום ה-13.
מחליפו של רונצקי, הרב רפי פרץ, כיום מנהיג הבית היהודי, הפיץ ב-2010 הוראה תחת הכותרת "עקרונות בביצוע פעילות תודעה יהודית בצה"ל", שקבעה כי יחידות צה"ל מחויבות בפעילות חודשית נוספת בתחום התודעה היהודית. במכתב ששלח לסגן הרמטכ"ל דאז, אלוף בני גנץ, התריע קצין חינוך ראשי כי ההוראה עלולה לבוא על חשבון תכנים אחרים בהם הדמוקרטיה הישראלית ורוח צה"ל.
רוח מפקדי הרבנות הראשית באה לידי ביטוי גם במבצע צוק איתן [2014]. ב"דף מפקד לקרב", שכתב וחילק לחייליו מח"ט גבעתי עופר וינטר, הוא ציין כי הוא "נושא עיני לשמיים וקורא עמכם 'שמע ישראל, ה' אלוקינו, ה' אחד'. ה' אלוקי ישראל היה נא מצליח דרכינו, אשר אנו הולכים ועומדים להילחם למען עמך ישראל כנגד אויב המנאץ שמך". לימים קודם וינטר לדרגת תת-אלוף ומונה למזכיר הצבאי של שר הביטחון.
כוהני דת, חובשי תרבושים שמכניסים את אללה ואת הלכות האסלאם לצבא ולפוליטיקה, נחשבים לג'יהאדיסטים. חובשי כיפות שמכניסים את אלוהים וההלכה היהודית לצבא ולפוליטיקה נחשבים בישראל לשליחי מצווה שאינם ניזוקים.
חוזה המדינה בנימין זאב הרצל שצפה את הסכנה הזאת כתב (מדינת היהודים) כי "חיל הצבא וכוהני הדת שניהם כאחד נכבדים יהיו בעינינו, ככל הכבוד הגדול אשר ירחש לבנו אל משרות כהונתם, אשר עלינו לכבדן. אך בהנהגת ענייני המדינה, אשר בכבודה יתימרו, אין להם כל עסק, לבל יביאו בה מבוכה מבית ומחוץ.''