האירועים האלימים האחרונים בהר הבית וסביבתו, שהתלקחו בין היתר בעקבות עלייתם של יהודים להר הקדוש, מפלגים באופן חד את הציבור הדתי-לאומי והציבור החרדי; בעוד החרדים מתנגדים בתוקף לעלייה להר מסיבות הלכתיות, חלקים מהציבור הדתי-לאומי תומכים בעלייה להר מסיבות לאומיות. להשקפת החרדים, רבני הציבור הדתי-לאומי מגבשים היתרים הלכתיים דחוקים על מנת להגשים את רצונם לעלות להר, אף שההלכה בעצם אוסרת זאת.
ההגבלה בנוגע לעליה להר-הבית מפאת קדושתו, מופיעה במשנה במסכת כלים, והיא מותרת רק לאחר טבילה במקווה. אך בתוך מתחם הר-הבית יש רמות קדושה נוספות אשר טבילה אינה מספקת כדי לאפשר אליהם כניסה, כמו אזור החיל, וכמו קודש הקודשים – אליו הכניסה מותרת רק לכהן גדול ביום הכיפורים. למרות שבית המקדש אינו קיים, רוב הפוסקים, מהמאה ה-12 עד המאה ה-14 (בעיקר בעלי התוספות והרמב"ם) פסקו שהקדושה בעינה עומדת, והאיסורים תקפים גם בימינו. לאחר מלחמת ששת-הימים, כאשר השאלה הפכה רלוונטית, הורו רוב הרבנים בישראל לא לעלות להר גם לא לאחר טבילה, מאחר וזיהוי מקום קודש הקודשים ואזור החיל המדויק אינו מוחלט, וקיים חשש לעבור על חטא חמור.
בשנים האחרונות החלו רבנים בציונות הדתית לערער על תפיסה זו, ולטעון כי יש בידיהם זיהוי מדויק של מקום המקדש בהסתמך על מדידות שערך במקום הרב הצבאי הראשי הרב שלמה גורן לאחר מלחמת ששת הימים. טענה נוספת היא שיש חשיבות רבה לביקור של יהודים במקום במסגרת קיום מצוות כיבוש ארץ ישראל. לטענתם, ככל שיגיעו למקום יותר יהודים, הפיקוח והפעלת הסמכות הריבונית של מדינת ישראל במקום תחוזק. זו היא למשל טענתו של הרב אליעזר מלמד, ראש ישיבת ההסדר הר ברכה, ומהרבנים הבולטים בציונות הדתית שתומך בגין סיבה זו בעליה להר.
מתנגדי העלייה דוחים טענה זו, ולטענתם, גם אם יש זיהוי מדויק של מקום קודש הקודשים, הרמב"ם אסר בכל מקרה על עלייה להר "ללא צורך". מי שמצדד בטענה זו הוא רבה הראשי של ירושלים, הרב אריה שטרן המשתייך דווקא לציבור הדתי לאומי, ומתנגד לעליה להר. בראיון שנתן אשתקד לאתר כיכר השבת, הוא דבק באיסור לעלות להר הבית בשל חששו מכך שתחומי הר הבית לא מוכרים מספיק, ועלול להיווצר מצב של עליה למקום קדוש בניגוד להלכה.
בימים שכאלה, בהם הר הבית נמצא בעין הסערה, נראה כי החרדים מגייסים למאבקם נגד עליית יהודים להר גם טיעונים מתחום הביטחוני/מדיני. כך בשבוע שעבר [17 בספטמבר] תקף יו"ר ועדת הכספים, ח"כ משה גפני, בחריפות, את השר אורי אריאל, שעלה להר בערב ראש השנה [13 בספטמבר], והאשים אותו בהתנהלות חסרת אחריות שעלולה להביא להסלמה באזור. "אני מוחה על זה שהוא [השר אורי אריאל] עולה להר הבית, אני חושב שאין בזה היגיון מבחינה מדינית", טען ח"כ גפני, "אני חושב שהוא לא מתפקד כשר החקלאות. שידאג לארץ ישראל כשר החקלאות ולא בעלייה להר הבית".
לפני שלושה חודשים [יוני 2015] פרסם העיתון החרדי "יתד נאמן" מאמר מערכת בוטה נגד העולים להר הבית, ושילב בין הטיעון ההלכתי לטיעון המדיני. "עשבי פרא", כונו על ידו העולים להר, "(הם) מקפידים לשפוך דלק על הרמץ העומם ולהעלות את האזור באש". מאמר המערכת של העיתון, המייצג את עמדת המנהיג הבולט ביותר במגזר החרדי הרב אהרון לייב שטיינמן, התחבר באופן מפתיע לטיעונים משמאל על כך שמדובר בפרובוקציה פוליטית. לטענת העיתון, העולים להר אינם מתכוונים לתפילה, אלא "מציגים את תכניתם הפוליטית כמשאלה דתית, ועושים 'תורתם' קרדום לחפור בו הישגים פוליטיים". העיתון מצטט את האיסורים לעלות להר הבית, ומסכם כי כל מי שביכולתו חייב לפעול ולסגור את ההר ליהודים.
ארנון סגל מהמטה המשותף לתנועת הר הבית ופעיל בולט המקדם עלייה להר, דוחה בשיחה עם אל-מוניטור את הטענות על האיסור ההלכתי לכאורה נגד העלייה להר. מיד בתחילת השיחה עמו הוא מפגין ידע רב בנושא ושופע ציטוטים ממקורות הלכתיים רבים – החל מהתלמוד, דרך הרמב"ם ועד לפוסקי ימינו. כך למשל, הוא מצטט איגרות של הרמב"ם שמעידות לכאורה על ביקור שלו בהר הבית. את הטיעונים ההלכתיים של הרבנים החרדיים הבולטים נגד העלייה להר הוא פוטר וטוען כי "אני כופר במושג גדולי הדור, ההלכה פתוחה לשיפוטו של כל אחד". לגופו של עניין, הוא סבור כי האיסורים ההלכתיים הם זוטות אשר "החרדים נתפסים בהם" כאשר לטענתו, הצדדים להתיר - גוברים.
סגל רואה את סוגיית העלייה להר הבית כמשקפת עימות אידיאולוגי רחב בהרבה בין החרדים לדתיים-לאומיים. "החרדים מאמצים תפיסה גלותית ישנה, ומצטמצמים לאיסור ההלכתי. הם מעדיפים לא לעשות כלום, בעוד הציבור הדתי-לאומי רואה את התמונה הגדולה, את היישום המעשי של חיינו כיהודים בארץ התנ"ך. האיסור ההלכתי לעלות להר הוא שולי לעומת המשימה הגדולה יותר של חידוש ימינו כקדם, של לקיחת גורלנו בידינו וחתירה לבניית בית מקדש שלישי". לטענת סגל, "יש כאן ברית מאוד ברורה בין גורמים חרדיים לחילונים שחותרים להשאיר את הדת בצד האוטופי שלה. זהו שיתוף פעולה הנגוע בצביעות, כי כולם בוגדים בעקרונות שלהם. החרדים בוגדים ביהדות שלהם, והחילונים בוגדים בחילוניות שלהם. בתפיסה הדמוקרטית הבסיסית של חופש הפולחן".
רב הכותל המערבי והמקומות הקדושים, הרב שמואל רבינוביץ', מציג עמדה נחרצת וחד משמעית נגד עלייה להר. "מיד אחרי שישראל כבשה את ההר ב-1967, היה קונצנזוס הלכתי מקיר לקיר בנוגע לאיסור העלייה להר הבית", הוא אומר בשיחה עם אל-מוניטור. "על האיסור אז חתמו גם הרבנים הדתיים-לאומיים החשובים ביותר כמו הרב צבי יהודה קוק, הרב אברהם שפירא ועוד. בשנים האחרונות העניין הזה נפרץ, אבל עמדת הרבנות הראשית לא השתנתה. היא מופיעה בשלט שהצבנו בכניסה להר, שבו מופיע איסור הלכתי נחרץ לעלות להר". עם זאת, לרב רבינוביץ' אין כל ספק בנוגע ל"בעלות" על ההר. "הר הבית שייך ליהודים, והארכיאולוגיה וההיסטוריה מוכיחים זאת" הוא אומר בנחרצות.
ארנון סגל מצדו לועג לשלט שמזכיר את האיסור ההלכתי לעלות להר. "הצבת השלט הזה הינה חרפה וביזיון לרבנות, שהיא בעיניי גוף פוליטי ולא הלכתי", הוא אומר. "ארגוני הטרור ובראשם חמאס מסתמכים על השלט המגוחך הזה ושואבים ממנו לגיטימציה להתנגדות לעלייה יהודית להר הבית. מצחיק אותי שהחרדים שתמיד מתנגדים לרבנות, מתרפקים עליה כעת. מול האיסור ההלכתי לעלות להר, יש חובות הלכתיות רבות שקיימות בהר ומבטלות אותו".
בעשורים האחרונים, במקביל לחיבור של החרדים עם ממשלות הימין בישראל, עלה הרושם כי החרדים מתקרבים בהדרגה לתפיסות לאומיות; אולם הוויכוח המר סביב הר הבית מגלה, כי תהום אידאולוגית עדיין מפרידה בין החרדים לדתיים-לאומיים בנוגע לסוגיות המהות של הקיום היהודי בארץ ישראל.