سفر الأقباط إلى القدس، أزمة تثار سنويّاً قبل عيد القيامة المجيد بأيّام معدودة، وتتوالى الاتّهامات ضدّ الأقباط الذين يقرّرون السفر إلى القدس لزيارة الأماكن المقدّسة، بالتطبيع مع إسرائيل ومخالفة أوامر الكنيسة الأرثوذكسيّة التي ترفض سفر الأقباط إلى القدس، على الرغم من أنّ الكنائس الأخرى مثل الكنيسة  الكاثوليكيّة لا ترفض ذلك، وترى أنّ السفر إلى القدس بغرض دينيّ لا يعتبر تطبيعاً مع إسرائيل.

ويعود تاريخ قرار منع الأقباط من السفر إلى القدس إلى الستينيّات، في عهد البابا كيرلّس السادس بسبب النزاع مع إسرائيل على دير السلطان في القدس الشرقيّة، حيث سلّمته إسرائيل إلى الرهبان الأحباش بعد طرد الرهبان المصريّين منه بعد حرب حزيران/يونيو 1967. واستمرّ القرار في عهد البابا شنودة الثالث خلال جلسة المجمع المقدّس في 26 آذار/مارس 1980، وجاء في القرار التالي:

"قرّر المجمع المقدّس عدم التصريح لرعايا الكنيسة القبطيّة الأرثوذكسيّة بالسفر إلى القدس هذا العام، في موسم الزيارة أثناء البصخة المقدّسة وعيد القيامة، وذلك لحين استعادة الكنيسة رسميّاً دير السلطان في القدس. ويسري هذا القرار ويتجدّد تلقائيّاً، طالما أنّ الدير لم تتمّ استعادته، أو لم يصدر قرار من المجمع بخلاف ذلك". ولكنّ القرار أخد صبغة سياسيّة عندما رفض البابا شنودة الثالث زيارة الأقباط إلى القدس بسبب رفضه التطبيع مع إسرائيل.

وعلى الرغم من سفر البابا تواضروس الثاني، بابا الإسكندريّة وبطريرك الكرازة المرقسيّة إلى القدس لترأّس جنازة مطران القدس الأنبا أبراهام في 26 تشرين الثاني/نوفمبر، وتأكيده أنّ الزيارة غرضها تأدية واجب العزاء، ردّاً على الاتّهامات الموجّهة إليه وقتها بالتطبيع، إلّا أنّ البابا تواضروس الثاني يصرّ على موقف الكنيسة من خلال تصريحات عدّة له تؤكّد أنّ الكنيسة الأرثوذكسيّة لم تغيّر موقفها وتصرّ على عدم السماح للأقباط بالسفر إلى القدس. وقال البابا تواضروس الثاني في تصريحات صحافيّة له: "لن ندخل لزيارة القدس إلّا مع إخواننا المسلمين، ومنذ حرب الـ67 ومن بعدها نصر الـ73 ومعاهدة السلام وموقف الكنيسة واضح فى هذا الأمر، فالمجمع المقدّس أصدر قراراً بعدم زيارة القدس، وهو الأمر الذي ترسّخ لدينا وهو عدم دخول القدس، إلّا مع إخواننا المسلمين".