ما زال ارتباط حركة حماس بجماعة الإخوان المسلمين في أكثر من بلد عربي مثار جدل داخلها، وبينها وبين الأنظمة العربية، كالسلطة الفلسطينية ومصر وسوريا التي تطالبها بالتخلي عن ارتباطها العضوي بالجماعة الأم، الإخوان المسلمون، والاقتصار على هويتها الفلسطينية، دون التواصل معهم تنظيمياً وسياسياً.

الجديد في الموضوع، الاتهام غير المسبوق الذي وجهه "شرف القضاة" رئيس مجلس علماء الإخوان المسلمين في الأردن، أعلى سلطة دينية وشرعية داخل الجماعة، ويضم العلماء الشرعيين في الجماعة، ويختلف عن مجلس الشورى، يوم 23/2 بوجود تنظيم سري يقود الجماعة مرتبط بحماس.

هذا الاتهام الخطير واجهته حماس بنفي قاطع، على لسان مصدر مسؤول فيها، طلب عدم كشف هويته، في حديث مع "المونيتور" عبر فيها عن "استهجانه من مزاعم القضاة، فليس هناك تنظيمات سرية أو علنية تتبع حماس في الأردن، مطالباً الأطراف المختلفة داخل جماعة الإخوان المسلمين الأردنيين بعدم إقحام حماس في خلافاتهم الداخلية، مؤكداً على سياسة حماس الراسخة بعدم التدخل في الشؤون الداخلية للدول والأحزاب العربية".

لكن مراد العضايلة عضو المكتب التنفيذي لحزب جبهة العمل الإسلامي، الذراع السياسي للإخوان المسلمين بالأردن، أعلن يوم 29/12/2014 أن رئيس المكتب السياسي لحماس خالد مشعل نصح الإخوان المسلمين بخوض الانتخابات البرلمانية التي جرت في يناير 2014، بعد طلب القصر الملكي في الأردن منه القيام ذلك، حتى ينخرطوا في العملية السياسية، ولا يبقون خارجها.