جاءت ردة فعل الحركة الجهاد الفلسطينية مختلطة في ما يتعلق باتقاق المصالحة بين حماس وفتح بتاريخ 23 نيسان/ابريل. ولطالما شدّدت قيادات "الجهاد الإسلامي" على مدار سنوات الانقسام على ضرورة تحقيق الوحدة الفلسطينيّة وإعادة اللحمة لمواجهة "المخاطر المحدقة بالقضيّة الفلسطينيّة وانقسام الفلسطينيّين ومواجهة الاحتلال الإسرائيلي"، وفقاً لتعبير قياديّين فيها التقاهم "المونيتور". إلا أن مخاوف ما زالت تدور في أذهان بعض قياداتها.

وقد عبّر القيادي في "الجهاد" خضر حبيب في حديث إلى "المونيتور" عن إيمانه بأن المصالحة الفلسطينيّة هي الخيار الأمثل للفلسطينيّين لترتيب البيت الفلسطيني وإنهاء الانقسام الذي ألقى بظلاله على كل أطياف الشعب الفلسطيني.

وقال حبيب إن "حركة الجهاد الإسلامي تؤمن بأن المصالحة هي خيار الفلسطينيّين في ظل المشاكل الصعبة التي يواجهونها، من عدوان إسرائيلي مستمر وفشل خيار المفاوضات السياسيّة التي يقودها أبو مازن وصولاً إلى برنامج فلسطيني توافقي واحد يمثّل الحد الأدنى سياسياً لكل الفصائل".

وما زالت حركة الجهاد الإسلامي ترفض المشاركة في أي انتخابات برلمانيّة أو رئاسيّة وفق االنظام السياسي الفلسطيني الحالي الذي تعتبره يأتي تحت مظلة اتفاق أوسلو. إلا أنها ترى في منظمة التحرير الفلسطينيّة المؤسسة الوحيدة التي يمكن لها أن تنضمّ إليها كونها لا تعدّ من مخرجات معاهدة السلام الفلسطينيّة–الإسرائيليّة تلك.