İslam Devleti (İD) sözde halifeliğine uygun zemin yaratmak için en çok mezhepsel çatışmaya bel bağlıyor. İD, El Kaide’nin aksine mezhepçiliği kalıcı ve temel bir strateji olarak benimsiyor. Ebu Musab Zerkavi dönemindeki doğuşundan bu yana örgütün temel aracı ve siyaseti, Sünni-Şii çatışmasının kışkırtılması oldu.
ABD’nin 2003’teki işgalinden bu yana Irak’ta faaliyet gösteren iki örgüt arasındaki temel fark da bu oldu. Zerkavi 2004’te Usame Bin Ladin'e mesajında Sünni-Şii çatışmasına değindi. Zerkavi’ye göre Şiilerle savaş cihadın vazgeçilmez bir önceliğiydi, Amerikalılarla mücadele bu savaşı engellememeli ve durdurmamalıydı.