בלילה שבין רביעי לחמישי [18 בינואר] פשטו כוחות גדולים של צה"ל והיחידה ללוחמה בטרור (ימ"מ) על ג'נין במטרה ללכוד את חוליית המחבלים שרצחה בשבוע שעבר [9 בינואר] את הרב שבח רזיאל, תושב חוות גלעד. כוח הימ"מ כיתר את הבית שבו לפי הסברה הסתתר אחד המחבלים, אחמד ג'ראר, פעיל חמאס, שאביו נסר ג'ראר היה מבכירי הזרוע הצבאית של חמאס בגדה וחוסל על ידי צה"ל במהלך האינתיפאדה השנייה [2002].
כ-24 שעות לאחר המבצע התברר כי ג'ראר הצליח כנראה להימלט ללא פגע. גם אם כך היה, המידע שהגיע לשב"כ על מבצעי הפיגוע היה ממוקד ומוכיח לכאורה כי שיתוף הפעולה הביטחוני בין ישראל לרשות הפלסטינית נמשך. ההתפתחות בחקירת הפיגוע החלה לאחר שרכב שרוף, אשר כנראה שימש את חוליית המפגעים, התגלה באזור ג'נין בשטח שנמצא באחריות ביטחונית פלסטינית והוביל לזיהוי החוליה.
