אך זה נדמו הדי חגיגות יובל שחרור הר הבית, או כיבוש חראם אל שריף, תלוי במתבונן, ושוב נשמעו באתר הקדוש ליהודים ולמוסלמים קולות ירי (14 ביולי). מאז יוני 1967 מושך המקום הזה מינים שונים של קנאים. ב-1969 הצית נוצרי משיחי את מסגד אל-אקצא וגרם נזק לדוכן הדרשן. בשנות ה-80 של המאה הקודמת סיכלו כוחות הביטחון הישראלים תוכנית של המחתרת היהודית לפוצץ את כיפת הסלע ומסגד אל אקצא. ב-1982 חייל יהודי פתח ביריות ברחבת הר הבית ובכיפת הסלע, רצח שומר מטעם הווקף, פצע שוטרים, פרץ לכיפת הסלע וירה לכל עבר. ב-1990 הרגו שוטרים ישראלים 17 מפגינים פלסטינים שהתפרעו במתחם. במהומות שפרצו בירושלים בעקבות ביקורו של אריאל שרון בהר הבית באוקטובר 2000, הרגו שוטרים ישראלים שבעה פלסטינים, ארבעה מהם בהר הבית.
הפעם המחבלים היו שלושה אזרחים ישראלים, תושבי העיר הערבית אום אל-פחם. קורבנותיהם היו שני שוטרי משמר הגבול, מבני העדה הדרוזית. ראש הממשלה בנימין נתניהו נאלץ לחרוג ממנהגו להטיל את האחריות לפיגועים על הרשות הפלסטינית ולדרוש מהנשיא מחמוד עבאס (אבו מאזן) לשים קץ להסתה נגד ישראל. הוא מיהר להבהיר לאבו מאזן בשיחת טלפון כי לא יפגע בסטטוס קוו וכי סגירת שערי הר הבית היא קצרת מועד ונועדה אך ורק לצורכי ביטחון.
