הילד שנולד לפני 68 שנה בכפר אל אדווה שבצפון מצרים יכול היה לדמות לרבים מחבריו שגדלו לצדו, זכו להשכלה מוגבלת, ונעשו תומכים נלהבים של תעמולת האחים המוסלמים. אבל מוחמד מורסי היה תועמלן בעצמו. הוא היה ילד מחונן שנטש את הכפר, עבר לקהיר, למד הנדסה באוניברסיטת קהיר לתואר ראשון ואחר כך לתואר שני, וקיבל מלגה נדירה מממשלת מצרים להמשך לימודיו בארה"ב.
את לימודי הדוקטורט בהנדסת חומרים עשה באוניברסיטת קליפורניה, ולאחר מכן שימש כיועץ בפרויקט בניית מנוע לחללית בסוכנות החלל האמריקאית נאס"א בראשית שנות ה-80.