האוניברסיטה העברית בירושלים עמדה לא אחת במוקד של ויכוחים פוליטיים, מהמאבק של הנהלתה לפני כחצי שנה נגד גירושה של לארה אל קאסם, סטודנטית תומכת תנועת החרם BDS שבאה ללמוד בירושלים, ועד לעימות בינואר השנה בין מרצה לספרות לבין סטודנטית במילואים שבאה במדים לשיעור. המרצה, קרולה הילפריך קיבלה איומים בעקבות הפרשה, ולאל-מוניטור נודע כי החליטה לצאת לחופשה ללא תשלום וביטלה את כל שיעוריה בפקולטה למדעי הרוח עד להודעה חדשה.

הפרשה העלתה מחדש את הקונפליקט בסוגיית לובשי מדים שלומדים באוניברסיטאות. הקמפוסים בעולם המערבי, במיוחד בעקבות מחאות שנות השישים בארצות הברית ואירופה, מסמלים את מעוזי החירות והדמוקרטיה ובמידה רבה גם התנגדות למיליטריזם. אלא שבישראל המצב מורכב בהרבה. שירות החובה לצעירים יהודים החל מגיל 18 הופך את לובשי המדים לחלק בלתי נפרד מהחברה הישראלית והרחוב הישראלי, מה שאינו מובן מאליו לתיירים, למשל, שנבהלים לפעמים מחיילים במדים ומנשק ברכבת, באוטובוס ובמסעדה, עד שגם הם מתרגלים. גם בקמפוסים מסתובבים לובשי מדים, סטודנטים בשירות מילואים או חיילים בשירות סדיר או קבע הלומדים בתכניות שונות של האוניברסיטאות.

האוניברסיטה העברית זכתה באחרונה במכרז של צה"ל לספק תכנית לימודים לצוערים המשובצים בתפקידי קצונה במערך המודיעין. עד כה הפעילה אוניברסיטת חיפה את תכנית המצוינות הצבאית-אקדמית, "חבצלות" שמה, שאורכת שלוש שנים. בין שאר קורסי הלימוד, הצוערים אמורים ללמוד בחוג ללימודי האסלאם באוניברסיטה, דבר שעורר תגובה חריפה מצד אחת מהמרצות הבכירות בו, הפרופסור ליאת קוזמא. בפוסט שעליו דווח (27 במארס) בכלי תקשורת אחדים – ואשר הוסר מאז – כתבה,  "אני חושבת כאן על הסטודנטים הפלסטינים שלנו, אבל לא רק - ללמוד בכיתה מעורבת של חיילים ואזרחים על ההיסטוריה של המזרח התיכון פוגע באופן מהותי במה אפשר ומה אי אפשר לומר". עוד כתבה כי "הפיכת 40% מהחוג שלנו לחוג צבאי" תפגע בלגיטימציה המחקרית הבינלאומית שממנה הוא נהנה.

ביקורת חריפה יותר מתחה עמותה בשם "אקדמיה לשוויון" המאגדת אקדמאים מהשמאל ולפיה, התכנית תגרום להקמת מעין בסיס צבאי קטן בתוך הקמפוס, ותפקיע חלק ממנו לשליטה צבאית. לטענת "אקדמיה לשוויון", הצבא יוכל למנוע כניסת עובדים ערבים למתחם וישנה את המשטר בקמפוס ממשטר חופשי לצבאי.