"ישראל מנהלת מערכת יחסים מורכבת ואמביוולנטית עם אונר"א (סוכנות הסעד והתעסוקה של האו"ם לפליטים פלסטינים)", אומר לאל-מוניטור מקור במנהל האזרחי. לדבריו, "מצד אחד ישראל רואה בארגון כמי שמשמש חומת הסוואה לפעילות טרור של חמאס המנצל את מתקניו לצרכיו, ומצד שני בישראל מבינים שבלעדיו הייתה הרצועה כולה הופכת לאזור אסון הומניטרי".

מאז השתלט חמאס על עזה [2007] דילמת אונר"א מעסיקה את ישראל לא מעט, בעיקר בשאלה כיצד לנהוג עם ארגון שאמנם מונע קריסת מערכות ברצועה אך עצם פעילותו מאפשרת לחמאס להוריד מעצמו את נטל האחריות האזרחית לתושבים ולהפנות את משאביו לפעילות טרור. 

הדילמות הללו עלו ביתר שאת בשבוע האחרון בעקבות אזהרתה של ניקי היילי, שגרירת ארה"ב באו"ם, כי הממשל יפסיק את הסיוע הכספי לאונר"א. זאת על רקע סירובו של אבו מאזן לקיים משא ומתן עם ישראל בתיווך אמריקאי.

לישראל "בטן מלאה" על אונר"א, בעיקר על מה שנתפס כהסכמה שבשתיקה לניצול של חמאס את מוסדות הארגון. מתאם הפעולות בשטחים, האלוף יואב פולי מרדכי, מבקר לא אחת את עובדי הארגון, שלטענתו גונבים חומרי גלם ומשאבים קיומיים אחרים שישראל מתירה את כניסתם לרצועה מטעמים הומניטריים, ומעלימים עין כשחמאס חופר מנהרות מתחת לבתי ספר שמפעיל אונר"א ברצועה. בחודש יוני 2017 חשף מרדכי כי חמאס חפר מנהרה מתחת לבית ספר בצפון הרצועה, והאשים את חמאס שהוא משתמש בתלמידים כמגן אנושי ואת ראשי אונר"א ועובדיו שאינם מונעים את חפירת המנהרה על אף הסכנה שבכך.