משבר הר הבית ופרץ האלימות שליווה אותו הותירו את ההנהגה הפלסטינית ברמאללה מתוסכלת מאוד. אף שהושגה המטרה של השבת הסטטוס קוו על הר הבית (אל-חרם א-שריף), ואף שישראל סילקה את כל אמצעי הביטחון שהציבה בכניסות אל ההר, דעת הקהל הפלסטינית העניקה את מלוא הקרדיט דווקא לרדיקלים. הפלסטינים חשו שארגון חמאס והזרוע הצפונית של תנועת האחים המוסלמים, ולא הנשיא אבו מאזן או עבדאללה מלך ירדן, הם שכופפו את זרועה של ישראל.

שר פלסטיני בכיר, אדם בעל רקע ביטחוני עשיר המקורב לנשיא אבו מאזן, סיפר לאל-מוניטור בעילום שם שבהנהגת הפתח מודאגים היום יותר מתמיד מאופיו של המאבק הפלסטיני כפי שהוא נתפס בעיני הציבור הפלסטיני והעולם הערבי והמוסלמי כולו. בהנהגה חוששים שאמצעי הביטחון של ראש הממשלה בנימין נתניהו סביב מסגד אל-אקצא הוסיפו נופך דתי למאבק הלאומי הפלסטיני.

אותו שר פלסטיני בכיר קבל על כך שהישראלים "אינם מבינים את הסכנות העצומות הגלומות במלחמת דת. זה עלול להביא אל חזית המאבק המזוין את חמאס, חיזבאללה ואיראן, ולסכן את הגורמים הפרגמטיים בהנהגה הפלסטינית. אם ישראל תנסה להפוך את אל-אקצא לסלע המחלוקת העיקרי, בסופו של דבר היא תיאלץ להתמודד עם הגורמים הפונדמנטליסטיים ביותר בקרב שכנותיה, אלו שלא יהססו להשתמש בצבא, בטרור או בהתקוממות אלימה".

אותו מקור בכיר הזהיר כי הפיכתו של המאבק הפלסטיני לסוגיה דתית במהותה עלולה להיות איום קיומי על הרוב החילוני בהנהגה הפלסטינית, ואף הוסיף: "יום יבוא ואתם עוד תתגעגעו ליאסר ערפאת ולאבו מאזן, במיוחד אם ממשלת ישראל תמשיך לנסות ולרצות את המתנחלים המשיחיים". הוא תיאר את המדיניות הנוכחית של נתניהו תוך שימוש במילה ״פירומניה״.