גם אחרי פרסום המסקנות הסופיות של צוות החוקרים השוויצרים שבדקו את גופתו של יאסר ערפאת, שאלות רבות עדיין נשארו פתוחות. האם המנהיג הפלסטיני הורעל למוות על ידי הישראלים? האם מי שהיה אז ראש ממשלת ישראל, אריאל שרון, ששנא את ערפאת ואף נהג לכנותו "הכלב מהמוקטעה", נתן הוראה לחסלו? אי אפשר לשלול את האפשרות הזאת על הסף, במיוחד כשנזכרים במסיבת העיתונאים מינואר 2002, אחרי תפיסתה של אוניית הנשק "קארין איי" שעשתה את דרכה מאיראן לעזה בהזמנת ערפאת. הרמטכ"ל אז שאול מופז נקלט במיקרופונים כשהוא לוחש לשרון: "צריך להיפטר ממנו".

מופז, שהיה ממובילי מהלך ההתנקשות במנהיג חמאס אחמד יאסין במארס 2004, כמו שרון, רצה להיפטר מערפאת. אבל בניגוד ליאסין, על יו"ר הרשות גונן אז נשיא ארצות הברית לשעבר ג'ורג' בוש הבן. שרון הבטיח לבוש שלא יפגע בערפאת, ולדברי ראש לשכתו, עו"ד דב וייסגלס, הוא עמד בהבטחתו וכלל לא הייתה לו סיבה להפר אותה שכן  ערפאת היה נצור במוקטעה ברמאללה ונטול השפעה. יחד עם זאת, אי אפשר להתעלם מהעובדה שלישראל היו מניעים רבים לגרום למותו של ערפאת בתקופת האינתיפאדה השנייה. יו"ר הרשות הפלסטינית נתפס אז כמי ששולט בגובה להבות ההתקוממות, שכללה פיגועי התאבדות רבים נגד אזרחים במרכז ישראל.

כך או כך, לפני שסוגרים את תיק ערפאת ומפנים אצבע מאשימה לכיוון הישראלים, יש להתייחס לכמה סימני שאלה שעולים מהדו"ח השווייצרי.