"יש ריח של פגר בלשכת הרמטכ"ל", אמר בני גנץ כשנכנס לתפקידו אחרי שנתיים של מלחמה חסרת תקדים בכיעורה בין שר הבטחון אהוד ברק לקודמו בתפקיד, גבי אשכנזי. בשבוע שעבר, כשפורסם דו"ח המבקר על פרשת הרפז, מיהר גנץ להכריז שהפגר יבש. הפגר אולי יבש, אבל הסרחון עדיין שם, גם אחרי 300 עמודים של דו"ח שמתאר את שבר האמון העמוק בין הרמטכ"ל לשר הממונה עליו. יש קשר ישיר בין המאבק ההדדי ברק-אשכנזי לדברים הקשים שהטיח ראש השב"כ לשעבר יובל דיסקין בראש הממשלה בנימין נתניהו ובשר הבטחון ברק. לצמרת הבטחונית של ישראל, בעבר ובהווה, אין אמון בהנהגה המדינית שמעליה.

עיקר הדו"ח על פרשת הרפז נשען על אוצר בלום שנפל בידי אנשי מבקר המדינה: הקלטות של כל שיחות הטלפון שהתקיימו אל ומלשכת הרמטכ"ל. הקלטות כאלה לא נמצאו בלשכת שר הבטחון. הדו"ח מתאר באריכות את הקרע ביחסים שבין ברק לאשכנזי, שבתוכו יכול היה בועז הרפז, קצין ונוכל, לשטות ברמטכ"ל ובעוזרו. אבל הדו"ח לא מצליח להסביר מה בדיוק גרם לשר ולרמטכ"ל, שבמשך שנתיים עבדו בהרמוניה יחסית, להגיע למצב שבו הם לא יכולים עוד לעבוד ביחד.

המבקר מתמקד בעיקר בפעילותו של הרפז ובקשריו עם לשכת אשכנזי, אבל הרפז היה רק סימפטום. הוא לא היה הבעיה. כשנשאל הרמטכ"ל המנוח, אמנון ליפקין-שחק, על השיחות שניהל עוזר הרמטכ"ל עם הרפז אמר: "עוזר רמטכ"ל לא צריך להגיע לשיחות כאלה במצב נורמאלי, אבל זה היה מצב לא נורמאלי... הכל נופל במסגרת בית המשוגעים שהיה שם". מה גרם לשניים מהמפקדים המוכשרים של ישראל להגיע לטירוף כזה? המבקר העדיף להתמקד בתיאור הסכסוך, ולא ניסה לגלות את שורשיו.

כמה חודשים אחרי שברק נכנס למשרד הבטחון ב-2007, השמידה ישראל את הכור שנבנה בחשאי בסוריה. פרסומים זרים תיארו כיצד ברק ניסה לעכב את מועד התקיפה, על אף העובדה שהכור הסורי עמד להפוך ל"חם". ציניקנים העריכו שברק ניסה לתזמן את התקיפה עם ההתפטרות הצפויה של אולמרט, שעמד לספוג ביקורת מוועדת החקירה למלחמת לבנון השנייה. אז, בדיונים שקדמו לתקיפה, נקט אשכנזי בצעד בלתי שגרתי, שלא לאמר חצוף: הוא סירב לפעול בנוהג המקובל ולהציג לשר הבטחון את המלצות צה"ל לפעולה בטרם יוצגו לקבינט. מחשש שברק ייאלץ אותו לשנות את המלצתו, התעקש אשכנזי שברק ישמע את המלצות הצבא יחד עם שאר שרי הקבינט.