پدیده بنیادگرایی معاصر در هر دو مذهب سنی و شیعی دارای ریشه‌های مشترک تاریخی و رویکردهای مشابه است. شدت و گسترش درگیری مذهبی در منطقه، مانع شناسایی دقیق علمی این دو پدیده و وجوه اشتراک آنها گشته است.

نام "اسلام سیاسی" عنوان جامع هر دو گروه به حساب می‌آید. در نگاهی عمیقتر به رخدادهای منطقه، درگیری نسخه‌های مختلف "اسلام سیاسی" از پشت نقاب درگیری مذهبی به چشم می‌خورد. در حالی که تعداد وسیعی از سنیان و شیعیان خاورمیانه خود را بیرون از سیاق درگیری مذهبی جاری می‌بینند، این قرائت‌های مختلف سیاسی از اسلام هستند که منطقه را به صحنه جنگ بین خود بدل ساخته‌اند. آن چه در این میان شگفت‌انگیز است، ساختار فکری مشابه این جریانها وخاستگاه‌های تاریخی مشترک آنها است که فهم آنها موجب تغییر نگرش در ماهیت نزاع در منطقه خواهد شد.

اندیشه بنیادگرایی اسلامی – علی رغم پیشینه کهن دینی – به عنوان یک جریان اجتماعی به شکل موجود آن، پدیده نوظهوری به حساب آمده و عمری در حدود یک سده بیش ندارد. این جریان در واکنش به سستی و ضعف کشورهای اسلامی در مقایسه با شکوه تاریخی گذشته پدید آمد. از این رو، بنیادگرایان نه درون جریان محافظه‌کار، بلکه از درون جریانهای اصلاح‌طلب با هدف "بیداری اسلامی" سر برآوردند.

هدف از بنیادگرایی در واقع بازگشت به «متن مقدس» و اجرای دقیق و بدون تاویل آن چه در آن آمده و رویگردانی از تفسیر رسمی و محافظه کارانه پدید آمده در طول تاریخ است. آنان راه حل مشکلات جاری را در بازگشت به نسخه اصیل آغازین و پرهیز از هر الگوی پسینی یافتند.