במשך ארבע שנים, ממארס 2009 עד מארס 2013, ליווה דן מרידור מקרוב את פרויקט הגרעין האיראני, מתוקף תפקידו כשר המופקד על שירותי המודיעין והוועדה לאנרגיה אטומית וכחבר של כבוד בפורום השמינייה היוקרתי, שפעל בתקופת חייה של ממשלת נתניהו השנייה ומרבית עיסוקו היה בלימת הגרעין האיראני. זו הייתה משימתה העיקרית של ממשלת נתניהו, ומרידור היה בורג חשוב בהתרחשויות. הוא נכח בעשרות רבות של דיונים, חלקם סוערים מאוד, שעניינם תקיפה באיראן.
בניגוד לבון טון המתלהם שאפיין את תגובות השרים ובראשם ראש הממשלה בעקבות ההסכם בין איראן למעצמות שנחתם בז'נבה, השר לשעבר מרידור דווקא רואה בו צדדים חיוביים.