מתישהו בסוף 2006 ביקר בישראל ראש סוכנות המודיעין הלאומית האמריקאית, ג'ון נגרופונטה. בפגישת עבודה בינו לבין ראשי המודיעין הישראלי, שהתקיימה במטה המוסד בתל אביב, הניחו אנשי אגף המודיעין פצצת זמן קטנה: בשולי הדיון, שעסק בהערכות המודיעין השונות באשר לשכנותיה של ישראל, אמר אלוף משנה אלי בן-מאיר, ראש הזירה הטכנולוגית באמ"ן, כי על פי הערכתו הסורים עוסקים ב"פרויקט לא קונבנציונלי".
אמנון סופרין, שהיה אז ראש אגף המודיעין במוסד, רתח. הוא לא אישר לאנשי אמ"ן להעלות את הנושא מכיוון שהמוסד העריך כי אין בסוריה פעילות גרעינית. אל"מ בן-מאיר פתח על דעת עצמו את המצגת שלו בפני נגרופונטה בשלושה שקפים על הפעילות הגרעינית בסוריה. זו הייתה אמירה נפיצה, מעוררת מחלוקת. לא רק במוסד, גם האמריקאים, בראשות נגרופונטה, סירבו לקבל את ההערכה האמ"נית כמציאותית.
