حین كان خامنئي يترجم لأفكار السيد قطب الأصولية والمتشددة بحماس شديد حالماً ببناء نظامه الاسلامي على أساسها، لم يكن يتصور بأن تلك الأفكار ستنتهي الى نزاع طائفي تريق فيه دماء الشيعة في مجازر كما حدث لحسن شحاته في مصر. وحين بَنَت الأحزاب الأصولية الشيعية كحزب الدعوة أفكارها على أساس الفكر الأخواني المصري، لم يكن بحسبانهم أن تهيج سلفية مصر ضدّهم وتخاطبهم بخنازير. وحين قام المفكر المصري حسن حنفي بالتقديم والاعداد لترجمة كتاب "ولاية الفقيه" للخميني، لم يكن يتخيل بأن اللاهوت الثوري الذي كان يطمح به سينقسم الى اطراف متناحرة ومتقاتلة، تكفر بعضها البعض.
أثار مقتل الداعية الشيعي المصري، حسن شحاته، غضب أطياف واسعة من المجتمعات الشرق الأوسطية: الشيعة، الأوساط السنية المعتدلة، الليبراليون والأقليات الدينية الأخرى كأقباط مصر؛ كما أن مؤسسة الأزهر أدانت الموقف بشكل رسمي. وفي هذا الحين يمثل موقف الحوزة العلمية في النجف وقم أهمية بالغة في هذا الحدث، حيث عمّ الإستنكار في إجواء من العقلانية والحزم.