يشكّل مشروع قانون بناء الكنائس أزمة مستمرّة بين الأنظمة الحاكمة والأقباط في مصر منذ العهد العثمانيّ، وقد طالب مسيحيّو مصر بإصدار الدولة قانوناً لتنظيم دور العبادة، لينظّم بناء المساجد للمسلمين والكنائس للمسيحيّين، على حدّ سواء، وذلك بسبب صعوبة بناء كنائس جديدة، على الرغم من الزيادة السكّانيّة عاماً بعد عام، إلّا بقرار جمهوريّ يصدر مرة خلال سنة أو مرتين. وتكمن الصعوبات في البنية التشريعية للدولة التي لم تحدد ألية بناء الكنائس، إذ إن قانون بناء المساجد صدر منفردا في 17 تشرين الأول/ أكتوبر 2001 لينظم المساجد وحسب مما استدعى الأقباط لتحويل بعض دور الخدمات لكنائس، ولكن لا يمكن الإجهار بذلك. تجدر الإشارة إلى أنه لم يكن هناك من صعوبات في بناء المساجد وكان أي مواطن يحق له بناء مسجد ولو في الدور من منزله بمجرد تصريح من وزارة الأوقاف وحسب، إلا أنه بصدور قانون تنظيم بناء المساجد تم تقنين الأمر نوعا ما.
واستمرّ الأقباط لمدّة قرون، بلا سند قانونيّ واضح ينظّم لهم بناء الكنائس، سوى قرار الرئيس الذي يصدر في فترات متباعدة، وبعد ضغوط عدّة. وخلال فترة رئاسة الرئيس الأسبق محمّد حسني مبارك، تراكمت مشاكل بناء الكنائس في كلّ المحافظات، ممّا أجبر الكثير من الطوائف المسيحيّة في مصر بسبب تعنّت أجهزة الدولة على بناء كنائس غير مرخّصة، أو إقامة الطقوس المسيحيّة في مباني الخدمات التابعة إلى الكنائس، مثل المباني المخصصة للأنشطة الصيفية مثلا من ممارسة القراءة والرحلات والرياضة وأنشطة مسرحية. بالفعل لا يتم الموافقة على الترخيص لبناء الكنائس تارة من قبل رئيس الجمهورية وتارة من قبل المحافظ خوفا من الغضب الشعبي للمسلمين.
