من حين إلى آخر، تتجدّد أزمة ارتفاع نسبة التلوّث في نهر النيل، الأمر الذي يستدعي وقف العمل في محطات مياه الشفة التي تغذّي مناطق كثيرة في المدن المصريّة المختلفة، وذلك بسبب عدم مطابقة مياه الشفة ومصدرها نهر النيل للمواصفات المطلوبة. وغالباً ما يكون السبب وراء هذه الأزمة المتجدّدة انخفاض منسوب المياه ونقصها في مجرى النيل.
إن أزمة ارتفاع معدلات تلوّث النيل وتأثيرها على مياه الشفة أصبحت تشكّل فزعاً بالنسبة إلى المواطنين، إذ تثار الشكوك من حين إلى آخر حول صلاحيّة مياه الشفة. وتنتج عن ذلك احتجاجات في القرى المصريّة وحالة من الغضب تجاه الحكومة، نتيجة التأخّر في حلّ هذه المشكلة التي تهدّد بكوارث بيئيّة ما لم يتمّ اتخاذ إجراءات من شأنها تجفيف منابع هذا التلوّث والتعامل معه وصرف الكميات اللازمة من المياه في نهر النيل لتحسين نوعيّة المياه الجارية فيه وجرف الملوثات إلى البحر الأبيض المتوسط.