من حين إلى آخر، تتجدّد أزمة ارتفاع نسبة التلوّث في نهر النيل، الأمر الذي يستدعي وقف العمل في محطات مياه الشفة التي تغذّي مناطق كثيرة في المدن المصريّة المختلفة، وذلك بسبب عدم مطابقة مياه الشفة ومصدرها نهر النيل للمواصفات المطلوبة. وغالباً ما يكون السبب وراء هذه الأزمة المتجدّدة انخفاض منسوب المياه ونقصها في مجرى النيل.

إن أزمة ارتفاع معدلات تلوّث النيل وتأثيرها على مياه الشفة أصبحت تشكّل فزعاً بالنسبة إلى المواطنين، إذ تثار الشكوك من حين إلى آخر حول صلاحيّة مياه الشفة. وتنتج عن ذلك احتجاجات في القرى المصريّة وحالة من الغضب تجاه الحكومة، نتيجة التأخّر في حلّ هذه المشكلة التي تهدّد بكوارث بيئيّة ما لم يتمّ اتخاذ إجراءات من شأنها تجفيف منابع هذا التلوّث والتعامل معه وصرف الكميات اللازمة من المياه في نهر النيل لتحسين نوعيّة المياه الجارية فيه وجرف الملوثات إلى البحر الأبيض المتوسط.

وتظهر حالات تسمّم جماعي في مناطق مختلفة نتيجة ارتفاع نسبة تلوّث مياه الشفة. وعلى الرغم من وجود تباين في الأسباب في كلّ مرّة، إلا أن المتهم في النهاية يكون غالباً وزير الري لارتفاع نسب التلوّث في مياه نهر النيل نتيجة انخفاض مستويات المياه. وقد وصل الأمر الى رفع دعاوى قضائيّة ضدّ الحكومة المصريّة نظراً لتزايد معدلات التلوّث في مياه الشفة  التي تضخّها محطات تسحب مخزونها من مياه نهر النيل، الأمر الذي يتطلب الإسراع بفتح القناطر وإطلاق كميات مياه إضافيّة بخاصة في أوقات السدّة الشتويّة.

يعتبر فرع رشيد أحد فرعَي نهر النيل والذي يمرّ في دلتا مصر وصولاً إلى البحر الأبيض المتوسط الأكثر ارتفاعاً في نسبة التلوّث. فيه يتزايد تركيز  الأمونيا والأملاح الذائبة، الأمر الذي يتسبّب في ظاهرة نفوق الأسماك، وفي تأثر محطات مياه الشفة في محافظات كفر الشيخ والبحيرة ودمياط وقد توقّف معظمها عن العمل. ويعيد المسؤولون الحكوميّون الأمر إلى ثلاثة أسباب رئيسيّة: الأول خاص بانخفاض مستويات مياه النيل والنقص فيها بخاصة في خلال فترة السدّة الشتويّة، التي تأتي في فصل الشتاء بتقليل المياه المورّدة من خلف السدّ العالي إلى أدنى المستويات. السبب الثاني هو وجود مشروعات أقفاص لتربية الأسماك على هذا الفرع. أما السبب الثالث فهو قيام عدد من القرى بتجميع مخلفاتها وتصريفها عبر المصارف الزراعيّة مباشرة التي تصبّ في فرع رشيد.