סלע המחלוקת המונע כעת פיוס בין חמאס לפת"ח הוא השליטה על מנגנוני הביטחון ברצועת עזה. על פי הערכות בישראל, צבא חמאס מונה כ-20 אלף חמושים שהצטרפו לתשתית עז א-דין אל-קסאם מאז ההפיכה שביצע חמאס בעזה ביוני 2007.
בראיון שהעניק אבו מאזן לערוץ טלוויזיה מצרי ביום כינוסה של הישיבה החגיגית בעזה [3 באוקטובר], הוא אמר כי לא יסכים לקבל את "מודל חיזבאללה" בעזה, כלומר ממשל אזרחי בהנהגת הרשות הפלסטינית במקביל לתנועה פוליטית שיש לה צבא מזויין הנאמן לה. "אנחנו, בגדה המערבית, מתנהלים על פי חוק אחד ורשות אחת. מי שמחזיק בנשק שאינו כפוף לחוק, גם אם מדובר באיש פת"ח, אני מורה לעצור אותו וזה מה שאמור להיות", הוא הסביר.