ערב בחירות 2006, ניצב הליכוד בפני המשבר הגדול בתולדותיו. הקמתה של מפלגת קדימה על ידי אריאל שרון תוך כדי פיצול הליכוד לא השאירה הרבה ממי שהייתה עד לאותו הרגע מפלגת שלטון גדולה. בנימין נתניהו, שעמד בראש הליכוד, שכנע את חברי מרכז המפלגה להוציא מידיהם את הכוח לבחור את חברי הכנסת, ולהעבירו לכלל חברי המפלגה. נתניהו טען אז, כי המהלך עשוי להוסיף לליכוד המרוסק כארבעה-חמישה מנדטים, מכיוון שמרכז הליכוד נתפס ככוחני וכמושחת – כ-3,000 איש בלבד קובעים מי יהיו חברי הכנסת ושולטים בהם.
לא ברור עד כמה סייע המהלך הזה לליכוד, שהתכווץ באותן בחירות ל-12 מנדטים בלבד והפך למפלגה בינונית מינוס. מאז, בכל אחת משלוש מערכות הבחירות הבאות [2015,2013,2009] קיים הליכוד שתי מערכות פריימריז בקרב כלל חברי המפלגה: לבחירות היו"ר ולבחירת הרשימה לכנסת.