מאז פרש מראשות המוסד [ינואר 2016], לא פצה תמיר פרדו את פיו. הוא ירש את מקומו של מאיר דגן המיתולוגי ועמד בראש ארגון הביון הישראלי במשך חמש שנים גורליות, בין 2011 ל-2016. בניגוד לקודמו, השתדל פרדו לשמור על המתחים והמחלוקות שנבעו בינו לבין מפקדו בנימין נתניהו בתוך החדר. מעטים יודעים את גובה הלהבות שחרכו את השניים במהלך לא מעט עימותים סביב המדיניות הישראלית מול מאמצי הגרעין האיראני. השבוע [30 באוגוסט], במהלך אירוע לזכר חללי מלחמה דרוזים, מצא את עצמו פרדו מול מצלמות והסכים להגיד כמה דברים. הם לא נעמו לנתניהו.
כשנשאל אם יש מול ישראל איום חיצוני קיומי, התיישר פרדו עם גישתם של שאר ראשי זרועות הביטחון הישראלים ואמר: "היום האיום על מדינות הוא פנימי ולא חיצוני". הוא טען שהסכנה המוחשית ביותר העומדת כיום בפני המדינה היא סכנת השסע והקרע הפנימי, שעלול להגיע עד מלחמת אזרחים. אחר כך הוא נשאל על ההשוואה שעשה שר הביטחון הנוכחי, אביגדור ליברמן, בין הסכם הגרעין עם איראן להסכם מינכן. "אסור להשוות בין קישואים לענבים. מה שקרה בסוף שנות ה-30 של המאה הקודמת שונה ממה שקורה היום. ההיסטוריה לא חוזרת על עצמה, והניסיון להשוות בין אירועים שקרו אז לפי הפרמטרים של אותה תקופה, זה לא נכון בלשון עדינה".