چند ماه پس از پیروزی در انتخابات سال 1378، محمد خاتمی مصاحبه تلویزیونی تاریخی خود را با کریستین امان پور، خبرنگار سی ان ان بر گزار کرد. در آن مصاحبه خاتمی تئوری تازه تولد یافته "برخورد تمدن ها" را مورد انتقاد قرار داده و بجای آن نظریه خود، یعنی "گفتگو میان تمدن ها" را مطرح نمود. خاتمی عنوان می کرد که بر خلاف ادعای تئوری برخورد تمدن ها اختلافات میان دنیای اسلام و غرب ناشی از تضاد ذاتی بین این دو تمدن نیست بلکه ریشه اختلافات در عدم گفتگوی دو تمدن با یکدیگر و مآلا عدم درک یکدیگر است.
خاتمی در عمل به تئوری خود وفادار ماند. وی در دوران هشت سال ریاست جمهوری اش سیاست های آشتی جویانه با غرب را در پیش گرفت که این امر موضوع هسته ای ایران را نیز در بر می گرفت. معمار طرح توقف داوطلبانه غنی سازی اورانیوم ، به منظور اعتماد سازی میان ایران و غرب، حسن روحانی دبیر شورای امنیت ملی خاتمی بود که او نیز از همان مکتب فکری خاتمی تبعیت می کرد. در آن دوران سه کشور بریتانیا، فرانسه، و آلمان، غرب را در مذاکرات با ایران نمایندگی می کردند.