في خطوة تبيّن إلى أيّ حدّ أصبحت العلاقات الثنائيّة بين السودان وقطر عميقة، قرّرت الخرطوم عدم الانضمام إلى الرياض وحلفائها في معاقبة الدوحة لدعمها المزعوم للإرهاب. لكن بالنسبة إلى السودان، الذي يعتمد بشكل كبير على الدعم الاقتصاديّ من قطر ومن الدول الثلاث الأعضاء في مجلس التعاون الخليجيّ التي دخلت في المواجهة مع قطر، يثير الخلاف الدبلوماسيّ بين قطر والمجلس وتوقيته القلق.
وفي 6 حزيران/يونيو، عرضت حكومة الخرطوم بذل جهود للتوصّل إلى "مصالحة" بين قطر والدول العربيّة السنيّة التي قطعت علاقاتها بقطر. وعبّرت وزارة الخارجيّة السودانيّة عن "قلقها الكبير" بشأن الخلاف، مطالبة بأن تقوم الدول الإقليميّة بـ "التعاون من أجل تخطّي هذا الخلاف". وما يثير القلق بالنسبة إلى الخرطوم هو أنّ الخلاف يهدّد بتقويض مصالح السودان الوطنيّة مباشرة بطرق متعدّدة نظراً إلى تاريخ سياساتها الخارجيّة والبيئة السياسيّة الداخليّة الحاليّة في البلاد.