אחרי חודשים רבים של התייעצויות, בדיקות והערכות, החליט הקבינט המדיני-ביטחוני להוציא את הפלג הצפוני של התנועה האיסלאמית אל מחוץ לחוק [17 בנובמבר]. המשמעות היא שכל גוף או אדם שישתייך לארגון זה מכאן ואילך, וכל אדם שייתן לארגון שירות או יפעל במסגרתו, יעבור עבירה פלילית ויהיה צפוי לעונש מאסר. מיד לאחר ההכרזה הקפיא השב"כ חשבונות בנק ששימשו עמותות המשתייכות לתנועה, הוחרם רכוש וכן הוצאו צווי סגירה ל-17 מוסדות ועמותות הפועלות באזור הצפון (נצרת ואום אל פאחם), באזור הדרום (היישוב הבדווי רהט) וביפו.
ראש הממשלה בנימין נתניהו מנסה כמעט שנתיים להוציא את הארגון אל מחוץ לחוק, אך המהלך היה תקוע בעיקר בגלל התנגדות משרד המשפטים, אז בראשותה של השרה ציפי לבני, בטענה כי לא ניתן יהיה להגן על כך בבג"ץ. בחודש מאי 2014 הוקם צוות בין-משרדי שאמור היה למצוא פתרון לסוגיה, אך מבצע "צוק איתן", מערכת הבחירות וחשש להעמיק את הקרע בין הממסד הישראלי לערביי ישראל, עיכבו כל החלטה בעניין.