أصدر الأزهر بياناً في 11 ديسمبر 2014 رفض فيه تكفير تنظيم داعش، وقال في بيان: "لا تكفير لمؤمن مهما بلغت ذنوبه". وأشار الأزهر إلى أنّ البيان يأتي نفياً لما تناقله بعض وسائل الإعلام من عبارات مقتطعة من كلمة مفتي نيجيريا في مؤتمر الأزهر لمواجهة التطرّف في 4 ديسمبر 2014، ويذكر أنّ تلك الوسائل قد وصفت العبارات المقتطعة بأنّها تكفير من مفتي نيجيريا لداعش. كما عاود شيخ الأزهر تأكيد رفضه تكفير داعش في1 يناير 2015، في تصريحاته الصحافيّة خلال لقائه برؤساء تحرير صحف مصريّة، ممّا أثار انتقادات العديد من الأطراف الدينيّة والسياسيّة والإعلاميّة، خصوصاً أنّه كان في استطاعة الأزهر أن ينفي تكفير مفتي نيجيريا لداعش من دون التطرّق إلى قضيّة رفض الأزهر تكفيرهم.
وأشار وكيل الأزهر عبّاس شومان في تصريحاته الصحافيّة إلى أنّ الأزهر لم يكفّر أيّ شخص أو جماعة على مدار تاريخه، وهو ما كذّبته ابنة الكاتب الرّاحل فرج فودة، في مداخلتها الهاتفيّة على أحد البرامج المذاعة على إحدى القنوات الفضائيّة قائلة: "إنّ عمليّة اغتيال والدي كانت بناء على فتاوى أغلب شيوخ الأزهر بتكفيره بسبب مطالبته بفصل الدين عن السياسة".