ما زالت القاهرة تواجه مزيداً من العقبات في إدارة علاقاتها الدبلوماسيّة ومصالحها المرتبطة بالأمن القومي مع الدول الإفريقيّة بخاصة دول حوض النيل. وعلى الرغم مما تظهره الإدارة السياسيّة الجديدة في مصر بعد عزل نظام الرئيس محمد مرسي من قدرة على تقوية العلاقات مع القارة الإفريقيّة، إلا أن ثمّة أزمة مكتومة يتصدّرها الخلاف في إدارة ملف مياه النيل.
وشهد ملف العلاقات المصريّة-الإفريقيّة نوعاً من التوتّر على خلفيّة عزل الرئيس محمد مرسي، إذ بادر الاتحاد الإفريقي إلى تعليق نشاط مصر إلى حين استعادة النظام الدستوري والديمقراطي، كذلك توقّفت المباحثات الثلاثيّة مع السودان وإثيوبيا في ما يتعلّق بملفّ سدّ النهضة الإثيوبي ومشكلة التوقيع على اتفاقيّة عنتيبي.